LE ORIGINI DI COVID-19: le proteine possono avere sequenze in comune anche senza manipolazioni.


Scrivo questo post rispondendo pubblicamente a una domanda su quello che ho pubblicato ieri su Facebook. La domanda era se potessi entrare nello specifico riguardo alle 'impressionanti' somiglianze che esistono tra la ‘spike protein’ del virus responsabile di COVID-19 e il virus HIV, a cui si riferiscono Luc Montagnier e l'articolo di ricercatori indiani da lui citato. La critica era garbata e giustissima: come si fa a non restare spiazzati, se non si ha la competenza tecnica per leggere gli articoli che ho citato?


Oltretutto (aggiunta mia), io sono uno scienziato di media caratura, che si intende di bioinformatica senza essere un bioinformatico famoso. Dall'altra parte c'è un premio Nobel, sostenuto da un rispettabile biomatematico. A chi credere?

Le domande sono più che legittime, ma la risposta non può essere di un rigo, per cui vi prego ancora una volta di avere pazienza, sarà una spiegazione un po' lunga.


Nel post di ieri e in quello del 25 marzo non ero andato a fondo, perchè non volevo essere ripetitivo rispetto a chi ci aveva già scritto un articolo molto dettagliato. Concordo, è difficile da leggere. Allo stesso modo, è difficile (anche per me) seguire la raffinata matematica frattale in base alla quale Jean-Claude PEREZ, d'accordo con Montaigner, sostiene di avere ottenuto la prova formale che il nuovo virus è stato fabbricato per produrre un vaccino contro HIV 

Proviamo a semplificare.

In sintesi, l'argomento di Montagnier e dell'articolo ritrattato , è questo: se andiamo a guardare in cosa differisce veramente la 'spike protein' di questo nuovo virus, rispetto a quella della SARS, troviamo quattro sequenze in più. Sono questi i famosi inserti, sottolineati in giallo nella figura del mio vecchio post , che rappresenta l’allineamento tra una parte delle spike proteins di SARS, COVID-19 e del famoso virus chimera. Sorprendentemente, troviamo queste sequenze, più o meno identiche, in tre proteine del virus HIV, tra cui la proteina ENVELOPE, cioè quella che il virus HIV usa per attaccare i linfociti. E’ mai possibile che queste somiglianze siano casuali? Perez conclude di no, usando modelli matematici molto complicati per fare il calcolo delle probabilità. Se non sono casuali, qualcuno ce le ha messe. Visto che assomigliano a quelle di HIV, è chiaro che chi ce le ha messe voleva fare un vaccino.

Premetto che il dato primario è vero. Considerate per esempio la sequenza TNGTKR. La ritrovate tale e quale nella sequenza di ENVELOPE di HIV. Al di fuori di questo piccolo nucleo però, SPIKE ed ENVELOPE non si assomigliano molto. Vi riporto solo parte dell'allineamento, le due proteine sono molto più lunghe.


E allora perché i comuni scienziati, come me e Feng Gao, cioè il ricercatore della Duke University, che ha pubblicato l’articolo citato, considerano una sonora stupidaggine la conclusione di Montagnier?

La risposta è tutto sommato abbastanza semplice. Con la normale matematica dei bioinformatici, se vi chiedete quante volte vi aspettate di trovare per caso la sequenza TNGTKR, in una qualsiasi dei milioni di sequenze virali depositate nelle banche dati, la risposta è: decine di volte (230, per la precisione). Infatti, facendo una ricerca simile a quelle che insegno a fare ai miei studenti all’Università, si ottiene una lunga lista di risultati. Oltre ad HIV ENVELOPE, contengono la sequenza TNGTKR anche le seguenti proteine (scusate la terminologia tecnica, credo che il concetto si capisca anche se non ve le spiego una per una):

-   capsid precursor protein [Rat astrovirus Rn/S510/Guangzhou]
terminase large subunit [Streptococcus phage Javan411]
-    integrase [Mycobacterium phage Kratio]
-    portal protein [Mycobacterium phage Butters]

Vi assicuro che la lista è molto più lunga, ma vi risparmio i dettagli. L’articolo di Feng Gao prende in considerazione anche tutte le altre somiglianze e la conclusione è che le similarità di sequenza tra SARS-CoV-2 e HIV possono essere spiegate tranquillamente dal caso, senza arrampicarsi sui vetri della matematica frattale.

Per rendere il concetto ancora più semplice, visto che la spiegazione precedente può risultare ancora un po' indigesta, dovete considerare che le proteine sono 'scritte' come lunghissime frasi, che usano solo 20 caratteri, come le frasi del linguaggio naturale. E’ questo il motivo per cui frasi diverse possono avere parole in comune anche per caso, e molto spesso ne hanno. Trovare parole in comune, non implica automaticamente che queste abbiano un significato biologico simile.

Cerco di spiegarmi in modo ancora più banale facendo riferimento al linguaggio naturale. Secondo voi cosa hanno in comune queste due frasi?

Frase 1. Il significato dell'accaduto è chiaro!

Frase 2. In questa faccenda non c'è un'acca che si capisca!

Potreste concludere che le due frasi hanno significati simili perché condividono la sequenza 'acca'?

Potreste concludere che la seconda frase è stata costruita apposta, usando la parola ‘acca’ come nucleo fondante?

Se rispondete si alla domanda precedente, potreste spiegarmi perché la costruzione deve partire proprio dalla parola ‘acca’?

Bene! La conclusione mia e della maggior parte dei miei colleghi è che le due sequenze non c’entrano un’acca l’una con l’altra. Montagnier e Perez, bontà loro, sono convinti del contrario.

Roberto Burioni sostiene che la scienza non sia democratica. In realtà, la democrazia della scienza consiste nel consenso degli scienziati. Questo non è facile da raggiungere, come testimonia il fatto che spesso gli scienziati sono in disaccordo: tutti gli scienziati vogliono dimostrare di essere più bravi degli altri! In linea di principio, Montagnier potrebbe avere ragione e tutti quelli che non la pensano come lui torto. Rimane però il fatto che a pensarla come Montagnier non sono in molti. 

A voi le conclusioni ulteriori.

Commenti

  1. Quello che non riesco a capire è come possa essere stato fatto un errore così grossolano. Si sa che esistono i domini conservati e che si ritrovano intatti in specie anche molto lontane tra loro. Possibile che non abbiano fatto una semplice ricerca in banca dati e relativo allineamento?

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    1. Bella domanda! Credo che la risposta si annidi nei meandri della mente umana, ma non saprei dire esattamente quali.

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  2. Questo commento è stato eliminato da un amministratore del blog.

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  3. Narcosi e Narciso hanno la stessa radice etimologica. Forse è per questo che i narcisi tendono ad avere il loro spirito auto-critico addormentato :-)

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